De fleste ryttere har prøvet at deres hest har måttet holde kortere eller længere pauser p.g.a. hoste. Ofte er det blot en banal forkølelse, men af og til støder vi på hårdnakkede tilfælde, hvor selv antibiotika-behandling ikke hjælper tilstrækkeligt. I sådanne tilfælde endoskoperer vi hesten, både for at få et indtryk af hvor i luftvejene at problemet er, samt for at få et indtryk af problemets omfang.
Gennem endoskopet kan vi tage prøver af slim og belægninger til dyrkning og fastlæggelse af en hensigtsmæssig behandling.
Ved handelsundersøgelse kan man fra tid til anden støde på heste med respiratoriske bilyde. Her har endoskopi en afgørende rolle i diagnosticeringen og fastlæggelsen af problemets betydning for hestens fremtidige atletiske funktion.
Endoskopi kan også bruges ved undersøgelse af kronisk ufrugtbare hoppers indre kønsorganer. Her får vi en mulighed for visuelt at vurdere livmoderslimhindens tilstand, og kan lokalisere sammenvoksninger og bryde den ved hjælp af endoskopets forskellige værktøj.